Ayant perdu la possibilité et l'espoir de récupérer par les armes les Lieux Saints, les Souverains d'Occident cherchèrent à entamer des tractations avec les Sultans pour assurer le culte catholique dans le Sanctuaire et l'assistance aux pèlerins.
Le roi de Naples Robert d'Anjou et son épouse Sanche de Majorque (1309-1343) obtinrent plein succès; après de longues tractations et au prix de fortes sommes d'argent ils purent obtenir du Sultan Melek en-nazer une résidence officielle pour la communauté latine à Jérusalem.
Avec l'approbation du Pape Clément VI, l'honneur d'être Gardiens fut confié aux franciscains qui déjà depuis 1335 s'étaient établis dans leur couvent du Mont Sion voisin du Cénacle. C'est depuis cette epoque, sur la base de la formule de la Bulle "Gratias Agimus" du Pape Clément VI au Général des Frères Mineurs, qui disait que "Les frères de votre Ordre peuvent habiter de manière permanente dans l'église du Saint Sépulcre et y célébrer solennellement les Messe et autre Offices Divins", que les Frères Franciscains ont occupé, sans jamais plus le lâcher, le poste qui leur était confié, c'est-à-dire la Chapelle de l'Apparition de Jésus Ressuscité à sa Mère.

Frère Nicolas de Poggiobonsi, qui resta quatre mois au service du Saint Sépulcre au cours de son pelerinage (1346-1350) et qui eut l'occasion d'étudier et de connaître toutes les particularité, présente ainsi la division des Sanctuaires dans son "Livre d'Outremer": "Je veux vous parler des autels qui sont à l'intérieur. Il y en a 20 en tout. Chaque groupe de chrétiens y a son autel. Du Dimanche des Olivier et de la Sainte Fête de Pâques tout groupe y va avec son pretre, et chaque pretre office pour son peuple selon sa langue".

Il indique aussi que de son temps l'Edicule du Saint Sépulcre était la propriété d'un musulman, lequel, seulement à l'occasion des pèlerinages, "ouvre la Chapelle du Saint Sépulcre, laisse les personnes y entrer durant l'espace de trois "Notre Père", puis les en fait sortir et ferme la Chapelle". Le Calvaire appartenait aux Arméniens.
L'Archimandrite russe Gretenio, qui fit le pelerinage de Moscou à Jérusalem ans les premières années du XVº siècle, indique qu'à l'intérieur de la Basilique fermée toute l'année sauf lors des Fêtes Pascales et des pèlerinages, sont présents de manière permanente un pretre Grec, un Georgien, un Franc (c'est-à-dire un Frère Mineur), un Armenien, un Jacobite et un Abyssin. Il est par ailleurs le premier à faire connaître un accroissement notable des possessions des franciscains. Il fait état du tableau de la Résurrection de Christ, où Saint François à genoux est représenté, attache à l'Edicule du Saint Sépulcre, et de l'autel que les Frères de la Corde (comme les franciscains étaient appelés par le peuple de Jerusalem) possédaient en commun avec les Arméniens sur le Mont Calvaire. L'Acquisition des franciscains a dû se réaliser entre 1330 et 1400, probablement grâce aux firmans que le Sultan Barquq (1382-1399) édicta en faveur des frères au Saint Sépulcre.

Plus tard le Sultan Barsabal, en très bonnes relations avec Philippe le Bob, Duc de Bourgogne (1419-1467) ordonna aux autorité de Jérusalem que les frères "ne soient pas empêches pour toutes leurs visite dans les lieux où ils ont l'habitude d'aller, qu'ils ne soient pas empêchés d'y entrer et d'y accomplir leurs fonctions et leurs solennités, selon que le requiert leur religion, comme aussi de réaliser leur culte, eux-mêmes et ceux qui les accompagnent, sur l'autel du Calvaire et à l'intérieur du Saint Sépulcre , selon leur habitude "maintenant depuis de nombreuses années du temps passé, selon la teneur des nmobles secrets qu'ils ont en mains".
Le Père Francesco Suriano (1485) rapporte, sur ka foi d'un témoin oculaire encore vivant de son temps, que en fonction de ce Décret les frère avaient substitué en 1435 dans l'Edicule du saint Sépulcre un autel fixe à l'autel mobile en bois, pour pouvoir y célébrer la Messe continuellement; et "Nulle autre nation de religieux peut dire la Messe dans ce Sépulcre sans notre permission particulière, du fait qu'il est sous notre garde et sous notre surveillance. Nous en possédons la clef".
De même le pelerin dominicain Felix Faber, en 1483, affirme que "Ce sont les mêmes Frères Mineurs qui ont les clefs du très doux Sépulcre; ils l'ouvrent et le ferment pour qui le désire; ils y célèbrent la Messe quand il leur plait".
De même dans la partie du Saint Calvaire que les Arméniens avaient donnés aux Latins, les Latins y posèrent un autel; ils ont fait de cette Chapelle de la Crucifixion jusqu'aujourd'hui leur propriété exclusive.
Ce fut une période de calme relatif; les diverses communauté chrétiennes présentes au Saint Sépulcre avaient réuissi a triouver une convivialité et à célébrer tout à fait ensemble la Semaine Sainte, y compris la Procession des Rameaux depuis Bethphagé.