Las fuerzas militares del oeste, después de fracasar en varios intentos por la conquista de los Santos Lugares (manu militari) trataron de lograr acuerdos que asegurasen la asistencia de los peregrinos. La pareja real de Nápoles, Angió y Sancha de Mallorca (1309-1345) tuvieron éxito después de largas negociaciones y grandes sumas de dinero para obtener de Melek en-Nazer una residencia oficial para la comunidad latina de Jerusalén dentro del Santo Sepulcro.

Con la aprobación del Papa Clemente VI esta responsabilidad fue otorgada a los Franciscanos que se establecieron en el Monte Sión en el 1335. La bula papal "Gratias Agimus" del Papa Clemente VI escrita para el superior de la Orden de Frailes Menores estableció que los "frailes de vuestra Orden puedan vivir permanentemente en la Iglesia del Santo Sepulcro y allí celebrar solemnemente las Misas y otros oficios divinos". De hecho los Franciscanos recibieron la Capilla de la Aparición de Cristo que desde entonces nunca han abandonado.

El Franciscano Niccolo da Poggibonsi visitó Tierra Santa entre 1346-1350 y pasó cuatro meses ayudando en el Santo Sepulcro. En su relato "Un viaje más allá de los mares" descubre la situación dentro del Santo Sepulcro: "Deseoso me siento de relatarles acerca de los altares que se encuentran allí dentro y que en su totalidad son 20: porque cada confesión de cristianos tiene su propio altar. En el Domingo de Ramos y en la Santa Pascua todos van allí, cada confesión con su propio sacerdote, y cada sacerdote celebra su Misa en el altar mayor…" También afirma que la Capilla del Santo Sepulcro fue la propiedad de un Sarraceno que "abría la puerta, hacía entrar a la gente y los dejaba dentro por el tiempo que duraban tres Padrenuestros, después los llevaba fuera, y cerraba la puerta con llave". También aseguró que el Calvario estaba en manos de los Armenios.

Algunos años después las cosas cambiaron y los monjes dieron la impresión de poseer mucho espacio dentro de la basílica. En realidad el Ruso Archimandrita Gretenius que vino en peregrinación durante los primeros años del siglo XV dice que dentro de la Basílica viven permanentemente un sacerdote Griego, uno de Georgia, un Frank (esto es un fraile menor), un Armenio, un Jacobita y un Abisinio. Declara que en la aedicula de la tumba había una pintura de un Cristo Resucitado junto a un S. Francisco arrodillado. También dice que los frailes de la cuerda (como en un principio se les conoció a los Franciscanos) poseían el Calvario junto con los Armenios. Todo esto se debió probablemente a los firmans otorgados por el Sultán Barquq (1382-1399) a favor de los frailes del Santo Sepulcro.

Más adelante el sultán Barsabai (1419-1467) ordenó a las autoridades de Jerusalén que a los frailes "no se les debía impedir entrar en los sitios a los que estaban acostumbrados a ir y allí celebrar sus funciones y solemnidades tal como su religión se lo requería, efectuar su adoración tanto ellos como los que los acompañan en el altar situado en el Calvario, dentro del Santo Sepulcro, siguiendo su costumbre, mantenida desde hacía muchos años antes y de acuerdo a las nobles normas que ellos poseen".

Según Fr. Francesco Surian (1485) los Franciscanos habían cambiado el altar fijo dentro de la Aedicula del Santo Sepulcro por uno movible y de madera, para que siempre fuera posible celebrar la Eucaristía. También afirma que nadie podía celebrar sin previo permiso de los Franciscanos quienes además tenían la llave de la Aedicula. Un testimonio similar lo da Félix Faber en 1483, quien declara que "las llaves del dulce Sepulcro están en las manos del Fraile Menor y ellos lo abren y lo cierran para quien lo desea y allí dentro celebran Misas cuando lo desean". En 1475 los Armenios cedieron sus derechos sobre el Calvario a los Franciscanos, que hicieron un altar, creando la Capilla de la Crucifixión.

Este fue un período de relativa calma cuando todas las confesiones cristianas presentes en el Santo Sepulcro tuvieron éxito al encontrar la manera de vivir juntos y hasta celebrar juntos la Semana Santa, incluyendo la peregrinación del Domingo de Ramos desde Bethfage.